¿Aún no conoces las características de Mongo DB? La ventaja que tiene MongoDB ante las bases de datos relacionales tradicionales, es la velocidad de consulta. Esto se logra porque la información se guarda a través de documentos en formato JSON, es tan solo una de las grandes diferencias ente Mongo y MySQL, su uso dependerá el tipo de proyecto que vayas a diseñar para decidir qué tipo de base de datos vas a usar.

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Referencia: http://www.wikivs.com/wiki/MySQL_vs_MongoDB
Link de interés: http://php-guia.com.ar/enlaces-de-interes/mysql-vs-mongodb-cual-es-la-mejor-opcion/